Depuis sa création, le développement de l’établissement est soutenu par de nombreuses institutions. Aujourd’hui, les principaux partenaires de l’EFIS sont :
1. L’Agence pour l’Enseignement Français à l’Etranger
2. Ambassade de France à Skopje
3. L’Institut Français de Skopje
4. Nikob
